Lata 1910., Japonia. Miasto, w którym pada tajemniczy czarny śnieg. Kodo Iwamoto, uczeń szkoły wojskowej zajmującej się badaniem zjawisk paranormalnych, zostaje wysłany na śledztwo. Na miejscu spotyka chłopca, który uważa, że jest chory, lecz Kodo rozpoznaje w jego przypadłości coś innego: nadprzyrodzone zdolności. Kodo rekrutuje chłopca do szkoły i wyrusza przez cały kraj, tropiąc tajemnice i szukając innych takich jak on.