Sasahara Kanji jest studentem pierwszego roku, który postanawia dołączyć do społeczności studenckiej, aby podzielić się swoimi ukrytymi przemyśleniami na temat mangi, anime i gier. Kiedy po raz pierwszy odwiedził Genshiken, skrót od „Gendai Shikaku Bunka Kenkyuu Kai” (Towarzystwo Studiów nad Nowoczesną Kulturą Wizualną), jego duma została zniszczona przez spisek Madarame, studenta drugiego roku w Genshiken, ale nadal nie chciał przyznać że jest otaku. Ponieważ jednak bierze udział w działaniach społecznych, takich jak odwiedzanie sklepów dojin (prywatne wydawnictwa), festiwali anime i spędza czas z innymi członkami społeczeństwa: Kosaką (chłopakiem, który mimo swojego pięknego wyglądu jest hardcorowym otaku), dziewczyną Kosaki, Kasukabe Saki (która nie jest tak naprawdę otaku), Ohno (cosplayerką), otwiera umysł i postanawia, że ​​uda mu się dotrzeć do świata otaku. Z ich pomocą, Sasahara powoli dostosowuje się do życia otaku w Genshiken.