Black Jack jest „niezarejestrowanym” lekarzem o niejasnej, tajemniczej przeszłości. Pracuje ze swoją małą asystentką Pinoko (która jest w nim ogromnie zakochana), zajmując się przypadkami medycznymi, o których niewiele wiadomo, które mogą być dziwne, niebezpieczne albo zupełnie nieznane. Jest jednak geniuszem i potrafi uratować życie niemal każdemu ze swoich pacjentów (oczywiście o ile ich na to stać), a jego nazwisko jest znane wielu ludziom na całym świecie, zwłaszcza w środowiskach medycznych i naukowych. Sam jest człowiekiem nauki i niewiele wierzy, dopóki czegoś nie zobaczy, jednak wielokrotnie zaskakują go miłość i natura, często biorące górę nad nauką, na której opiera swoje życie.