Nagisa Aoi jest nową uczennicą przeniesioną do jednej z trzech prestiżowych katolickich szkół dla dziewcząt na wzgórzu Astraea: szkoły o nazwie St. Miator (dwie pozostałe to St. Spica i St. Lelim (z jakiegoś powodu w anime znana jako Le Rim)). Pierwszego dnia, całkowicie się zgubiwszy, trafia na polanę z drzewem, a także na dziewczynę o długich srebrnych włosach. Nagisa od razu zakochuje się w dziewczynie, Shizumie Hanazono, znanej również jako Etoile wszystkich trzech szkół (najbardziej uwielbiana uczennica). Shizuma, podnosząc figurkę upuszczoną przez Nagisę, całuje ją w czoło, przez co Nagisa mdleje. Po przebudzeniu w szkolnym ambulatorium Nagisa poznaje swoją nową współlokatorkę, Tamao Suzumi. Jednak dla nowej uczennicy wszystko wkrótce stanie się znacznie bardziej skomplikowane.