Akcja rozgrywa się na odległej planecie Zi, w świecie, w którym biomechaniczne stworzenia zwane Zoidami służą jako potężna broń w trwającym od dawna konflikcie między Republiką Helic a Imperium Guylos. Obowiązuje kruche zawieszenie broni, lecz narastające napięcia i powrót starożytnej technologii Zoidian grożą ponownym pogrążeniem obu narodów w wojnie. Historia śledzi losy Vana Flyheighta, młodego chłopca, który odkrywa Fionę, tajemniczą dziewczynę bez pamięci, oraz Zeke’a, Organoida zdolnego zwiększać bojowe możliwości Zoida. Podróżując wraz z zaradną Moonbay i małomównym najemnikiem Irvine’em, grupa poszukuje wskazówek dotyczących przeszłości Fiony. Ich podróż prowadzi ich przez Republikę, a ostatecznie do samego serca odnowionego konfliktu, który ukształtuje przyszłość Zi.