Szacuje się, że w ciągu najbliższych 30 lat w Tokio z prawdopodobieństwem wynoszącym 70% lub więcej wystąpi trzęsienie ziemi o magnitudzie 7,0. W 2012 roku Mirai, uczennica pierwszej klasy gimnazjum, na początku wakacji wybiera się wraz z bratem Yuukim na sztuczną wyspę Odaiba w Tokio, na wystawę robotów. Z rowu oceanicznego wydobywa się potężny wstrząs o sile 8,0 w skali JMA, słynne Tokyo Tower i Rainbow Bridge rozpadają się i runą, a krajobraz Tokio zmienia się w ciągu kilku sekund. Z pomocą motocyklistki dostarczającej przesyłki, imieniem Mari, którą spotykają na Odaibie, Mirai i Yuuki starają się wrócić do swojego domu w Setagayi, w zachodniej części Tokio.