Były agent FBI, Frank Black, ma zostać konsultantem tajemniczej organizacji Millennium. Zajmuje się głównie przestępstwami o naturze religijnej. Nie wie jednak, że Millennium to tajna, ponadtysiącletnia organizacja, która wykorzystuje go, by osiągnąć swoje własne cele. Chris Carter stworzył bardzo mroczny obraz, nie tylko dla tego, że większość scen odbywa się w nocy lub ciemnej scenerii, ale także dlatego, że postawił na apokaliptyczno-apokryficzny charakter serialu.