Minęło pięć lat odkąd dziesięciolatek Ben Tennyson ostatni raz użył Omnitrixa zegarka, dzięki któremu mógł zamieniać się w kosmitów i przejmować ich moce. Gdy w tajemniczych okolicznościach znika jego dziadek Max, Ben jest jedyną osobą, która może go odnaleźć. Będzie musiał jeszcze raz założyć Omnitrix i zostać superbohaterem. Ben wyrusza na poszukiwania dziadka razem z kuzynką Gwen Tennyson, która przez ostatnie lata nauczyła się kontrolować energię i dawnym wrogiem Kevinem Levinem. Ich misja ma trzy cele: uratować dziadka, zebrać i wyszkolić drużynę innych nastoletnich bohaterów, aby mogli powstrzymać pozaziemską inwazję i ujawnić międzyplanetarny spisek zainspirowany przez Nadplemię silną rasę kosmitów, która zamierza zniszczyć wszystkie inteligentne formy życia w galaktyce, zaczynając od Ziemi.