Rozgrywająca się rok przed wydarzeniami z oryginalnej serii Macross, Macross Zero przedstawia ostatnie dni wojny między U.N. Spacy a frakcjami anty-U.N. Po zestrzeleniu przez najnowszy myśliwiec anty-U.N. as pilot Shin Kudo trafia na odległą wyspę Mayan, gdzie technologia praktycznie nie istnieje. Podczas gdy Shin pozostaje na wyspie, by wyleczyć rany, spokój wyspy zostaje zakłócony przez bitwę z udziałem najnowszego myśliwca U.N. — VF-0.