W roku Regild Century 1014 minęło całe tysiąclecie od końca legendarnego Universal Century, w którym legendy takie jak Amuro Ray i Char Aznable rządziły polem bitwy jako asy pilotów mobilnych skafandrów. Powierzchnia Ziemi, która niegdyś była przedmiotem ostrej walki, jest obecnie w większości opuszczona, a ludzkość woli żyć w koloniach kosmicznych i na powierzchni Księżyca. Student Capital Guard Academy, Bellri Zenam, prowadzi spokojne życie akademickie, ale jego normalne dni dobiegają końca wraz z pojmaniem pirackiej pilotki Aidy Surugan i jej mobilnego skafandra G-Self. Bellri czuje silne mentalne połączenie z G-Ja i odkrywa, że ​​jest w stanie go pilotować. Wkrótce staje w obliczu konfliktu z „Capital Guard”, radykalną frakcją, która podąża za własnym tajnym planem wbrew woli armii amerykańskiej, która nadal sprawuje władzę na Ziemi.