Wiosną, gdy opadają płatki kwitnących wiśni, Yū Narukami przeprowadza się do Yaso Inaba, by zamieszkać z wujkiem i kuzynką z powodu sytuacji rodzinnej. Rozpoczyna naukę w liceum Yasogami, gdzie zaczyna się jego pełne wydarzeń życie szkolne. Gdy jednak w spokojnym miasteczku dochodzi do serii morderstw, Yū odkrywa moc swojego serca przybierającego fizyczną postać: Personę. Wśród nowych zagadek pojawia się Marie, mieszkanka alternatywnego świata, Velvet Room, która nie pamięta swojej przeszłości. Wraz z przyjaciółmi Yū musi rozwiązać wszystkie zagadki, które przed nim postawiono, i uchronić Yaso Inaba przed kolejnymi aktami przemocy.