W roku 2138, przemysł gier opartych na wirtualnej rzeczywistości przeżywa wielki boom. Popularna gra MMO, Yggdrasil, zostaje pewnego dnia po cichu zamknięta. Jednakże jeden z graczy, Momonga, postanawia się nie wylogowywać. Jego awatar zostaje przekształcony w postać wielkiego szkieletu znanego jako „najpotężniejszy mag świata”. Rzeczywistość gry powoli zaczyna się zmieniać, a postacie niezależne (NPC) otrzymują zdolność odczuwania emocji. Nie mając rodziców, przyjaciół, ani swojego miejsca w społeczeństwie, ten przeciętny młody mężczyzna postanawia zawładnąć rozpościerającym się przed nim, nowym światem, w jaki przekształciła się gra.