Klan Czarowników, dowodzony przez liczącego sobie setki lat Orga Ninja Dokusai, podjął działania mające na celu odzyskanie cennej mapy Pako, znajdującej się od pokoleń w posiadaniu rodziny Yamaji. Tetsuzan Yamaji, 34. wielki mistrz Togakure Ryu Ninpo, powierza swojemu synowi i córce, Tohy i Mei, ochronę Pako przed siłami Klanu Czarowników. Przywdziewając odziedziczony po ojcu kostium Jiraiya, Toha staje się Jirayą, mistrzem szkoły Togakure, który musi stawić czoła złowrogiemu Klanowi Czarowników, a także licznym ninja z różnych zakątków świata.