Akcja rozgrywa się w 2050 roku. Kong staje się poszukiwanym uciekinierem po tym, jak sieje spustoszenie w rezerwacie przyrodniczym i morskim na wyspie Alcatraz. Większość ludzi polujących na potężne zwierzę nie zdaje sobie jednak sprawy, że Konga wrobiono w tę sprawę. Stoi za tym zły geniusz, który planuje siać postrach na świecie za pomocą armii ogromnych zrobotyzowanych dinozaurów. Jako jedyna bestia dość silna, by ocalić ludzkość przed mechanicznymi dinozaurami, Kong musi zdać się na pomoc trójki dzieci, które znają prawdę o nim.