Każdy na świecie korzysta z aplikacji na smartfony, lecz wewnątrz nich czają się nieznane stworzenia zwane App Monsters lub Appmon. Appmony to sztuczne formy życia zdolne do myślenia i działania, istniejące na granicy świata ludzi i świata cyfrowego. W rozległym morzu internetu złowroga sztuczna inteligencja znana jako Leviathan przejmuje kontrolę nad Appmonami za pomocą wirusa L i zaczyna hakować każdy system, zdobywając w ten sposób kontrolę nad światem ludzi ze świata sieci. Haru Shinkai zostaje doprowadzony do zdobycia Appli Drive i używa go, by zmaterializować Gatchmona, potwora aplikacji wyszukiwania.