Trzydzieści trzy lata temu obca siła znana jako „JAM” najechała Ziemię przez portal wymiarowy nad Antarktydą. Siłom Ziemi udało się odeprzeć JAM na odległą planetę oznaczoną jako „Fairy”. Podczas gdy większość mieszkańców Ziemi nie wie o obecności JAM, wojna trwa na Fairy, gdzie Rei Fukai jest pilotem SAF (Special Air Force), przydzielonym do pilotowania „Yukikaze” — zaawansowanego samolotu rozpoznawczego wyposażonego w niemal samoświadomą sztuczną inteligencję, która wykrywa obecność JAM na jego drodze.