Akcja serialu rozgrywa się w młodej Ameryce, wciąż otrząsającej się po wojnie secesyjnej. The Pinkertons opowiada o Allanie Pinkertonie — założycielu Pinkerton's National Detective Agency — jego synu Williamie oraz pierwszej kobiecie detektyw w Ameryce, Kate Warne, którzy rozwiązują przestępstwa na całym „Dzikim Zachodzie” lat 60. XIX wieku.