Genialny naukowiec Sōzō Haran prowadził badania na Marsie, gdy stworzył Meganoidów — nową formę cyborgicznego życia zdolną do metapoznania. Nagle Dr. Haran stracił kontrolę nad swoim dziełem, gdy Meganoidzi wymordowali jego i całą jego rodzinę, z wyjątkiem najmłodszego syna, 16-letniego Banjō Harana. Banjō uciekł z Marsa statkiem rakietowym wraz z Daitarn 3, zasilanym energią słoneczną superrobotem. Teraz, mając 18 lat i mieszkając na Ziemi, Banjō walczy przeciwko Meganoidom i ich przywódcy, Don Zauserowi. Banjō musi zebrać sprzymierzeńców, aby pomogli mu powstrzymać zagrożenie ze strony Meganoidów, którzy dążą do przekształcenia wszystkich ludzi w cyborgi i „udoskonalenia” ludzkiej rasy.