11-letni Kenichi Mitsuba to przeciętny chłopiec, który chodzi do szkoły średniej i ma trudności w nauce. Jest bardzo uparty i bardzo leniwy, przez co ciągle doprowadza swoich rodziców i nauczyciela do frustracji. Uwielbia szukać łatwych sposobów na wszystko. Zaprzyjaźnia się z Hattorim Kanzo, ninja z klanu Iga, i wraz z jego bratem Shinzo oraz jego ninja-psem Shishimaru staje się częścią rodziny Mitsubów. Hattori pomaga Kenichiemu w jego problemach i jako dobry przyjaciel nieustannie ma go na oku. Główny antagonista, Kemumaki, ninja z klanu Koga, oraz jego ninja-kot Kagechiyo ciągle naprzykrzają się Kenichiemu, głównie z powodu rywalizacji o jedną dziewczynę, Yumeko. Kenichi prosi Hattoriego o zemstę, co stanowi powracający wątek wielu odcinków. Chociaż Hattori jest dobrym przyjacielem, Kenichi czasami kłóci się z nim z powodu nieporozumień wywoływanych przez Kemumakiego. Czasami pomagają mu Jippou, Togejirou i Tsubame.