Rok 2089 n.e. – minęło 80 lat, odkąd I wojna kosmiczna odmieniła życie zarówno ludzi, jak i rasy Zentraedi. Obie rasy żyją w pokoju na Ziemi, gdy w Układzie Słonecznym pojawia się nowa rasa obcych zwana „Marduk”. Relacjonując pierwszą bitwę między U.N. Spacy a flotą Marduk, początkujący reporter SNN Hibiki Kanzaki odkrywa Ishtar, „Emulatora”, która poprzez śpiew wzmacnia zdolności bojowe Marduk. Hibiki sprowadza Ishtar na Ziemię, by nauczyć ją wartości życia i kultury. Wraz z doświadczoną pilotką Valkyrie Silvie Gena Hibiki i Ishtar muszą znaleźć sposób, by ocalić Ziemię przed całkowitym zniszczeniem z rąk przywódcy Marduk, Inguesa.