Kyon jak zawsze zaczął kolejny dzień w szkole. Spodziewał się tego co zawsze, czyli absurdalnych pomysłów Haruhi. Z początku wszystko wyglądało normalnie, lekcja się zaczęła, nauczyciel zaczął tłumaczyć temat, uczniowie rozmawiali, ale było coś niepokojącego... No tak, nigdzie nie było Haruhi, która mogłaby go męczyć. Kyon nie przejął się tym zbytnio, stwierdził, że dzień, czy dwa bez niej to dobry odpoczynek. Z czasem jednak zaczął się trochę martwić, nigdy nie opuszczała tylu dni w szkole. Pytał znajomych, czy znają adres zamieszkania tej dziewczyny, jednak wszyscy upierali się, że żadna Haruhi Suzumiya nie uczęszcza do tej szkoły. Co więcej Yuki Nagato zachowywała się jak zwykła, nieśmiała dziewczyna, a Mikuru upierała się, że widzi go po raz pierwszy w życiu. Dziwne zdarzenia były normą w życiu nastolatka, ale to co stało się teraz naprawdę nie dawało mu spokoju. Co się mogło stać?