Dwa lata po wydarzeniach z Czwartej Wielkiej Wojny Shinobi księżyc, który Hagoromo Otsutsuki stworzył dawno temu, by zapieczętować Posąg Gedo, zaczyna zbliżać się do świata, grożąc, że stanie się meteorem, który przy uderzeniu zniszczy wszystko. W obliczu tego kryzysu bezpośredni potomek Kaguya Otsutsuki, Toneri Otsutsuki, próbuje porwać Hinatę Hyugę, lecz ostatecznie porywa jej młodszą siostrę Hanabi. Naruto i jego sprzymierzeńcy wyruszają na misję ratunkową, zanim zostają uwikłani w ostateczną bitwę, która zadecyduje o losie wszystkiego.