Macross Delta rozgrywa się w roku 2067, osiem lat po wydarzeniach z Macross Frontier. Fabuła skupia się na Walküre, zespole utalentowanych idolek, oraz Delta Squadron, zespole doświadczonych pilotów Valkyrie, którzy walczą z Var Syndrome, tajemniczym zjawiskiem pochłaniającym galaktykę, u boku tajemniczego zespołu pilotów myśliwców Aerial Knights Valkyrie z Kingdom of Wind. Film na nowo montuje sceny z anime telewizyjnego i dodaje nowe, by opowiedzieć inną historię.